Zu Wagners Forschungsschwerpunkten zählen historische und zeitgenössische Formen räumlicher Wissensorganisation, Körperbilder in den Künsten, Ästhetik und Wahrnehmungstheorien des 19. und 20. Jahrhunderts, Genealogie der modernen Bibliothek und Raumtheorien.
Kirsten Wagner studierte von 1989 bis 1996 Kunstgeschichte, Germanistik, Soziologie und Pädagogik an den Universitäten Braunschweig und Oldenburg und war danach bis 1998 als Künstlerische Leiterin des Oldenburger Kunstvereins tätig. 1999 erhielt sie im Rahmen des Graduiertenkollegs "Politische Ikonographie" an der Universität Hamburg ein Promotionsstipendium und war danach Stipendiatin eines Wissenschaftsförderprogramms des Landes Schleswig-Holstein. Am Kulturwissenschaftlichen Institut der Humboldt-Universität zu Berlin promovierte Wagner 2004 mit einer Arbeit zu Formen räumlicher Wissensorganisation in der Computermoderne. Bevor sie dem Ruf der FH Bielefeld folgte, arbeitete Wagner als Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Kulturwissenschaftlichen Institut der Humboldt-Universität zu Berlin und im Sonderforschungsbereich 447 "Kulturen des Performativen".